Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато, главный герой, становится партнёром дигимона по имени Гилмон. После знакомства они отправляются на курорт в Окинаве. Это место с природными ландшафтами и тихой обстановкой предназначено для отдыха. Однако по прибытии Такато и Гилмон обнаруживают, что в Японии распространяется компьютерный вирус. Возникает вопрос о связи этого вируса с дигимонами. Появление Минами, другого укротителя дигимонов, добавляет неопределённости в развитие событий.

На фоне курортной обстановки начинают происходить необычные явления. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону, что заставляет Такато искать причины такого поведения. Он пытается выяснить природу вируса и его отношение к миру дигимонов, сталкиваясь с различными препятствиями. Постепенно раскрывается цепь событий, связывающая Такато, Гилмона и остальных дигимонов. Путешествие перерастает в последовательность задач, в ходе которых Такато узнаёт больше о своих способностях и устройстве мира дигимонов. Появляются новые союзники, противники и нерешённые вопросы, а изучение прошлого и настоящего помогает ему определить свою роль в этой системе.